对于万历三年整顿驿递的心情，居正自己说过：
近来驿递困敝至极，主上赫然思以厘振之，明旨屡饬，不啻三令五申矣，而犹不信！承教，谓外而方面，内而部属以上，凡得遣牌行者，有司不敢不一一应付。若如近旨，但无勘合者，皆不应付，则可尽复祖宗之旧，苏罢困之民。夫有司官卑，岂敢与大官相抗，所赖以行法振弊者，全在抚、按耳。抚、按官狃于故常，牵于私意，而责有司以奉法令，抗大官，势不能也。朝廷欲法之行，惟责之抚、按，不责之有司。异日倘有犯者，或别有所闻，则抗命之罪，必当有归。（书牍九《答总宪李渐庵言驿递条编任怨》）
丈田、赈饥、驿传诸议，读之再三，心快然如有所获。盖治理之道，莫要于安民。究观前代，孰不以百姓安乐而阜康，闾阎愁苦而危乱者？当嘉靖中年，商贾在位，货财上流，百姓嗷嗷，莫必其命，比时景象，曾有异于汉、唐之末世乎？幸赖祖宗德泽深厚，民心爱戴已久，仅免危亡耳。隆庆间，仕路稍清，民始帖席，而纪纲不振，弊习尚存，虚文日繁，实惠日寡。天启圣明，虽在幼冲，留心治理。仆每思本朝立国规模，章程法度，尽善尽美，远过汉、唐，至于宋之懦弱牵制，尤难并语。今不必复有纷更，惟仰法我高皇帝怀保小民一念，用以对越上帝，奠安国本耳。故自受事以来，凡朝夕之所入告，教令之所敷布，惓惓以是为务，锄强戮凶，剔奸厘弊，有不得已而用威者，惟欲以安民而已。奸人不便于己，猥言时政苛猛，以摇惑众听；而迂阔虚谈之土，动引晚宋衰乱之政，以抑损上德，矫扞文罔，不知我祖宗神威圣德，元与宋不同，哺糟拾余，无裨实用，徒以惠奸宄贼良民耳。（书牍十二《答福建巡抚耿楚侗言致理安民》）
驿递条例既经整顿，以后便是执行的事了。居正认定这是一件致理安民的大业，所以始终没有放松。执行底时候，当然从自己做起。儿于回江陵应试，吩咐儿子自己雇车；父亲过生日，吩咐仆人背着寿礼，骑驴回里祝寿。万历八年，居正次弟居敬病重，回里调理，保定巡抚张卤发出勘合，居正随即缴还，并附去一封信：
亡弟南归，辱给勘合，谨缴纳。禁例申严，顷有顽仆擅行飞票，骑坐官马，即擒送锦衣，榜之至百，其同行者，俱发原籍官司重究矣。仰惟皇上子惠穷民，加意驿传，前遣皇亲于武当祈嗣，亦不敢乘传，往来皆宿食逆旅，盖上之约己厚民如此。仆忝在执政，欲为朝廷行法，不敢不以身先之。小儿去岁归试，一毫不敢惊扰有司，此台下所亲见，即亡弟归，亦皆厚给募资，不意又烦垂怜也。此后望俯谅鄙愚，家人往来，有妄意干泽者，即烦擒治，仍乞示知，以便查处，勿曲徇其请，以重仆违法之罪也。前奉旨查朝觐官遣牌驰驿者，久不闻奏报，辱在知厚，敢以直告。（书牍十二《答保定巡抚张浒东》）
惟有始终不懈，从自己做起，才算得“综核名实”，这是居正给我们的教训。在整顿驿递底当中，一切都从大官做起。外勘合由抚、按衙门发出，所以便先行整顿抚、按。甘肃巡抚侯东莱底儿子擅行驰驿，言官提出弹劾了。甘肃虽然不是最吃紧的地方，但是究在北边，而且东莱是一个应付鞑靼号称得力的边臣。居正确实感到一点困难，但是不能因为一个巡抚底原故，破坏国家底定法。没奈何，把东莱底儿子应得的官荫革去了，以后再慢慢地设法补救。保定巡抚张卤奉到居正底催促，恰好保定正在交通干线底要点，只得实行稽查。他发现违反规定的，一共十几人，一齐都奏报上去。这一次太严重了，居正只得稍行容忍，先把太仆寺和太原府的官员处分一下。他和张卤说：
两承翰示，一一领悉。前奉明旨所查，惟朝觐遣牌驰驿者，即所参苑寺、太原二人，亦足以应诏矣。若概及其他，恐干连人众，所伤者多。今姑为隐涵，后若再犯，即达官显贵，亦不能少贷矣。旧染颓俗，久难骤变，彼顽梗玩肆之人，以为法虽如是，未必行也，今量处数人，以示大信于天下，庶几有所惮而不敢犯乎！然惟在各抚、按以实奉行，不敢废格诏令可耳。今台谏诸君屡奉严旨诘责，常虑无以塞明诏，苟搜得一事，如获奇宝，一经指摘，声价颇损，故愿诸公之毋舍己以徇人也。至于三司官在本省地方，夫马廪饩，用之自不为过，惟出境则不可。若宣大之于蓟辽，则地隔两境，各有军门统属，自难以相通。若奉敕者，则不在此例矣。（书牍十二《答顺天张巡抚》）
这一次的处分，有一点出人意外的，是太原府知府上书兵部和都察院，声明并非本人有意违例，因为山西巡抚派人护送，所以竟在省外使用驿站车马。责任落到山西巡抚身上。居正当然犯不着因为这个问题，动摇边疆大臣，所以只得去信加以严重的诰诫：
太原守投揭部、院，自辩驰驿非其本意，悉由相知者差人护送。都台即欲据揭并参，不谷喻之乃止。原揭奉览。盖闻智者不先人而后己也，仁者不危身以邀恩也。夫各抚、按、司、道之公背明旨，而以传驿徇人也，冀以避怨而施德也，今既不施德于人，而又有累于己，岂不两失之乎？仁智者不为也。公尝告我曰，“今内之纪纲政事，已觉振肃，而外之吏治民风，尚未丕变，则诸大吏不以实奉行之故也。”不谷深韪其言。今若此，未可谓之奉法也！以公之高明强毅，而犹若此，况其他乎？已矣乎，吾无望于人已！恃在知厚，直献其愚。诗云，“他山之石，可以攻玉。”幸惟原谅。（同卷《答山西徐巡抚》）
整顿驿递，当然不是一年的事。最感觉棘手的是内监和衍圣公。内监是宫内的亲信，轻易干涉不得。居正只得吩咐他们底领袖去设法。（见书牍十二《答南京守备枢使乔诚斋》）衍圣公是孔子六十四代孙尚贤。大圣底后人，因此更应为世表率，偏偏尚贤忘去这一点。每年衍圣公自曲阜入京朝贡，沿途骚扰不堪。山东布政据实直告居正。居正说：
承示大监、圣公横索驿递。今内官、勋臣小有违犯，动被绳治，而圣公所过，百姓如被虏贼，有司亦莫之谁何，以其为先圣之后也。夫圣人秉礼为教，志在从周，假令生今之时，亦必斤斤守朝廷之法，不可逾越，况其后裔乎？后若再行骚扰，亦宜一体参究，庶为持法之公也。（书牍十二《答藩伯徐中台》）
这是万历八年的事。次年，衍圣公家庭发生风波，尚贤底庶母郭氏攻歼尚贤，朝廷派员查勘。一面由居正和山东巡抚何起鸣把衍圣公每年入朝底故事，重行商定。居正说：
中间处分孔氏朝贡一节，极为得中。然仆窃以为今亲王俱不朝贡，孔氏何必亲行？朝廷亦不必借此为重。渠每岁一行，族人佃户，科派骚扰，不胜劳苦，沿途生事百端，军民避之，无异夷虏，及至京师，淹留数月，待私货卖尽，然后启行，此岂为观光修贡者耶？窃以为宜如王府例，每岁只差人进马入贺，不必亲行；或当朝觐之年，预期奏请，得旨而后行，亦为简便。公如以为可，疏请之。若今岁，则彼听勘未结，自不宜来矣。（书牍十三《答山东巡抚何莱山》）
商定底结果，衍圣公入朝定为三年一次。这样一来，对于衍圣公底走私夹带，当然不免发生稍许的不便，但是交通干线附近的居民，却减少了不少的惊惶。
万历三年，发生了水利问题；这一年旧事重提，再行发动疏凿泇河和胶莱河，这两件事，居正都尽了最大的努力，但是都没有成功。本来明朝的水利问题，集中在黄河，这不是因为明朝人对于水利有特别的兴趣，而是因为政治和军事的关系，不能不着重漕运；着重漕运，便不能不着重黄河。明朝的京城在北京，整个的国防形胜，也着重在北边，因此每年由南而北的漕运四百万石，成为国家底生命线。隆庆六年，居正曾和港运总督王宗沐说过：
今方内乂安，所可虑者，河漕为最。兹赖公之力，经理十七，江、淮之粟，方舟而至，来岁新运，又已戒期，计三年之后，京师之粟，将不可胜食矣，欣慰欣慰。（书牍四《答河漕总督王敬所》）
万历元年，四百万石又安稳地北上，居正又说：
四百万军储江、海并运，洪涛飞越，若涉平津，自仆有知以来，实未见有如是之盛者。一日侍上，语及今岁漕事，天颜喜悦，殿上侍臣，咸呼万岁。仆因推言，此皆督臣之功也，宜加懋赏，重任之。上深以为然。（书牍五《答河漕王敬所言漕运》）
次年，漕运还是如期北上，居正说起：
辱示知：运艘已于三月十一日，尽数过淮，无任忻慰。闻度江遇风，谅无大损，若前途通利，则额赋可以毕达，国储可以日裕矣。今计太仓之粟，一千三百余万石，可支五、六年。鄙意欲俟十年之上，当别有处分，今固未敢言也。（书牍六《答河漕王敬所》）
居正方作国储充实以后的计划，就在这一年，黄河在邳州决口，淮河也决口。万历三年，黄河又在砀山决口，黄水不断南流，一部分由淮安入运，直灌长江，淮、扬一带因此发生极大的恐慌。但是当局底注意还是集中运道。这时从宿迁到韩庄的运河还没有，从淮安到宿迁，再从宿迁到徐州茶城，黄河就是运河，明朝人称为“借黄为运”，在借黄为运的情形下面，黄河底通塞，和漕运有关，也就和国防有关。明朝人治河有几条牢不可破的原则。第一，黄河到开封以后，不许向北，因为向北便不能向南，淮、徐一线的漕运便发生问题。第二，黄河到徐州以后，不许向南，因为向南便影响明朝凤、泗一带的祖墓。